エレキギターの弦を開放弦の音で完璧にチューニングしたにも関わらずいざコードやパワーコードを鳴らしたときに不協和音となってしまうのを一般に「フレット音痴」と言いますよネ。

ド定番の対処方法はオクターブチューニングと言って、12フレットのハーモニクスと12フレットの実音を比べて実音の方がピッチが高ければブリッジのサドルをボトム側に動かし、低ければネック側にサドルを動かすという方法ですが、それでも音が合わない、もしくは合わせられないなんてこともあるかと思います。

その原因とは…まず疑うべきはフロントピックアップの高さです。ピックアップのポールピースと弦の間隔が近すぎると弦が磁気の影響受けやすくなります。フロントピックアップを思い切り上げて12フレット以降でドレミファソラシド弾いてみるとなんとなく音の狂いが実感できると思います。なのでフロントピックアップのポールピースと最終フレット押さえた際の弦の間隔は少なくとも約2ミリ以上（5セント硬貨もしくは500円玉1枚分超）あけるようにしてください。

フロントPUがシングルコイルでリアPUがハムバッカーのギターだとどうしても出力バランスとろうとしてフロントPUをギリギリまで上げてしまいがちになりますので要注意ですネ。

フロントピックアップの高さを整えたにも関わらずまだオクターブチューニングに支障きたしている場合はもう弦の質が悪いか劣化しているかが原因だと思いますので、弦交換をお勧めします。

ただ、以上の対処で完璧に合うとは言い切れませんので音程にシビアな方はもうバズフェイトンチューニングシステムをインストールしていただくしかありません。

とりあえず、ここでは弦の質以外にピックアップの磁気もフレット音痴の原因になるのだという事をご理解、ご参考にしていただければと思います。